浙江大学动物医学系的前身系浙江省立甲种农业学校兽医科，自1918年建立至今，已有100年的办学历史，是全国办学历史最悠久的学科之一。学科现有教师30人，其中教授（研究员）和副教授（副研究员）21人，含长江学者特聘教授和国家杰出青年科学基金获得者 1 名、教育部新世纪优秀人才 3 名、浙江省杰出青年基金获得者5名，构成了一支结构合理、业务精良、具有国际化视野的教学科研队伍。
动物医学系具有从本科生、硕士生到博士生的完整人才培养体系，设有基础兽医学、临床兽医学和预防兽医学3个二级学科硕士学位授权点以及兽医学一级学科博士学位授权点，并设有兽医学一级学科博士后科研流动站，拥有部级（农业部）和省级重点实验室各1个。毕业生广泛分布于国内外高校、科研院所、各级出入境检验检疫局、兽医行政管理部门以及生物制药相关行业。
动物医学系在动物重大传染病、人兽共患病发病机制和免疫控制研究领域取得了系列重大科研成果，先后获得3项国家级奖励和多项省部级奖励；在天然药物开发利用、畜禽群发普通病防控和生殖调控机制等研究领域也产出了一批具有重要影响力的学术成果，在国际国内享有较高声誉。