2025年2月11日，由浙江大学、丹麦奥胡斯大学、华南农业大学、西湖大学、美国农业部农业研究局和马里兰大学等多家单位合作完成的FarmGTEx TWAS-server项目，在国际著名期刊《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》在线发表了题为“FarmGTEx TWAS-server: An Interactive Web Server for Customized TWAS Analysisr的原创性研究成果。该研究首次推出了猪和牛的在线TWAS分析平台，为探索家养动物复杂经济性状的遗传机制提供了强有力的工具。
要实现猪、牛等家养动物的生物学驱动选择育种，关键在于深入挖掘复杂经济性状背后的有效候选变异基因。然而，传统的全基因组关联分析（GWAS）虽然揭示了大量关联变异，但这些变异大多位于非编码区，缺乏对其背后生物学机制的解释。全转录组关联分析（TWAS）作为一种有效的候选基因挖掘工具，已经在众多的人类疾病研究中取得了重要应用，但在家养动物领域的应用仍显滞后。其主要瓶颈之一便是数据处理和分析流程的复杂性。针对这一挑战，FarmGTEx TWAS-server提供了便捷且用户友好的TWAS在线分析与注释功能，用户可以免费访问该平台（https://twas.farmgtex.org/）。该平台汇集了PigGTEx、CattleGTEx和人类GTEx的eQTL数据，并通过多款软件（如S-PrediXcan、Fusion、UTMOST等）训练了猪（34个组织）和牛（23个组织）的eQTL模型。FarmGTEx TWAS-server支持多种功能，包括GWAS摘要统计量填补、表达量预测、TWAS在线分析、候选基因查询、跨物种性状相关性计算（基于TWAS摘要统计量）以及GO和KEGG注释分析等。
FarmGTEx TWAS-server摘要图
通过提供如此全面的在线分析平台，FarmGTEx TWAS-server不仅助力家养动物复杂性状的遗传机制挖掘，也推动了跨物种性状研究的发展，解决了当前缺乏有效TWAS分析平台的瓶颈问题，为动物遗传育种领域的研究提供了极大的便利。未来，随着 FarmGTEx 项目的持续推进，TWAS-server 将不断更新，纳入更多物种数据，支持更丰富的统计模型与功能，进一步提升跨物种基因-性状关联分析的能力。
浙江大学动物科学学院博士生张振洋为论文第一作者，浙江大学王起山教授、丹麦奥胡斯大学房灵昭博士、华南农业大学张哲教授、浙江大学潘玉春教授为论文共同通讯作者。本研究获得了国家重点研发计划(2023YFD1300404), 三亚市科技创新专项 (2022KJCX49)和国家自然科学基金(32272833)等项目资助。
全文链接：https://doi.org/10.1093/gpbjnl/qzaf006
（潘玉春教授课题组供稿）
科研与开发科
2025年2月26日